În de-alungul graniţei sudice a Transilvaniei s-a construit în Evul Mediu un întreg sistem defensiv, a cărui verigă estică era biserica-fortăreaţă din Ilieni.
La începutul secolului al XIV-lea, aşezământul era considerat una dintre cele mai semnificative localităţi din regiunea Trei Scaune. Cu ocazia recensământului de taxe din anul 1567, s-au numărat 62 gospodării. Cu această evidenţă, Ilieni se număra printre cele mai populate localităţi din acea perioadă, fapt la care trimitea şi rangul de oraş de târg, pe care aşezământul îl purta.
Pe dealul care se ridică deasupra satului stătea o mică biserică construită în stil romanesc la începutul secolului al XIV-lea. Locul său a fost preluat de o biserică de proporţii mult mai mari în anul 1443, construită în stil gotic. Biserica, însă, şi-a căpătat forma finală între anii 1782-1785, partea sa vestică având propria sa galerie, iar scaunele vechi fiind schimbate cu unele noi.
Exteriorul bisericii este extrem de simplu, peretele sudic şi cel estic este fortificat de coloane înguste, clădite din cărămidă, acoperite cu ţiglă. Intrările din partea sudică şi cea vestică sunt acoperite de prispe construite în stil baroc popular, fiind prevăzute cu boltă.
Odinioară, biserica din Ilieni a fost împrejmuită de o fortăreaţă dublă: astăzi, vizitatorii pot vedea doar zidurile fortăreţei exterioare. Singurele rămăşiţe ale celei interioare sunt cele ale zidurilor de lângă clopotul-turn. Prima dată s-a construit fortăreaţa interioară, cândva între secolele al XV-lea şi al XVI-lea, pereţii exteriori fiind construiţi în secolul al XVII-lea, după asediile saxone din anul 1612.
Cetatea are o formă pentagonală, colţurile sunt prevăzute cu bastioane, precum şi turnuri de veghe, toate contribuind la securitatea locuitorilor. La câţiva ani după construirea sa, în anul 1658 hoardele turco-tătare au invadat Ardealul, prima lor victimă fiind ţinutul Trei Scaune şi Ţara Bârsei. După un asediu care a ţinut 5 zile, fortăreaţa a fost capturată prin vicleşug, mulţi locuitori au fost căsăpiţi, iar cei rămaşi au fost făcuţi sclavi. Mai multe sute de localnici au căzut victime ale acestui atac, iar fortăreaţa a fost arsă.
Pe la mijlocul secolului al XIX-lea, cetatea interioară era încă într-o stare destul de bună, în de-alungul pereţilor exteriori erau 118 cămară destinate stocării diferitelor lucruri. Din păcate, una singură a supravieţuit până în zilele noastre, cea care se află în stânga turnului de la intrare.
Restaurarea completă a fortăreţei s-a efectuat numai după anul 1989, când clădirii i s-a dat o altă funcţiune, la iniţiativa pastorului reformat Kató Béla. Patru bastioane au primit funcţia de a-i caza pe tinerii vizitatori, unul fiind transformat în scenă de teatru.
Înăuntrul bisericii, galeriile şi părţile din faţă ale băncilor sunt decorate cu casete pictate cu motive florale, care datează din secolul al XVIII-lea. Tavanul format din casete a fost pictat de către artistul Kovács Kázmér în anul 1991.